В Кубке СССР наивысшим достижением стал выход в 1/8 финала в розыгрыше 1959/60.

После образования чемпионатов России команда получила место в Первой лиге (Восток), заняла 7-е место в 1992 году. Следующий сезон сложился неудачно, и команда вылетела во Вторую лигу. Проведя там 4 сезона, в 1997 году выиграла турнир, вернувшись в Первый дивизион. Следующие 7 сезонов клуб провел во второй по значимости лиге, с каждым годом улучшая итоговый результат, пока в 2004 году не занял второе место, дающее право выступлений в Высшем дивизионе России.

В дебютный 2005 год «Томь» заняла 10-е место, в 2006 году команда улучшила свою позицию, заняв 8-е место и набрав 41 очко.

В Кубке России лучшим результатом стал выход в полуфинал в розыгрыше 2007-2008 гг.

Основной состав клуба.
№ Гр. Имя Дата рождения
Вратари
12 Алексей Поляков 28 февраля 1974 (35 лет)
25 Сергей Парейко 31 января 1977 (32 года)
Защитники
17 Андрей Иванов 8 октября 1988 (21 год)
19 Денис Евсиков 19 февраля 1981 (28 лет)
21 Валерий Катынсус 27 апреля 1978 (31 год)
24 Дмитрий Смирнов 9 ноября 1980 (28 лет)
26 Виктор Строев 16 января 1987 (22 года)
37 Джордже Йокич 20 января 1981 (28 лет)
Полузащитники
3 Валерий Климов 31 января 1974 (35 лет)
4 Василий Янотовский 2 января 1976 (33 года)
5 Сергей Скобляков 2 января 1977 (32 года)
6 Дмитрий Мичков 22 февраля 1980 (29 лет)
7 Виталий Волков 22 марта 1981 (28 лет)
11 Кирилл Ковальчук 11 июня 1986 (23 года)
18 Норберт Немет 5 мая 1981 (28 лет)
23 Александр Радосавлевич 25 апреля 1979 (30 лет)
83 Александр Харитонов 4 апреля 1983 (26 лет)
Нападающие
8 Денис Киселёв 2 июня 1978 (31 год)
14 Артём Дзюба 22 августа 1988 (21 год)
22 Владимир Дядюн 12 июля 1988 (21 год)
27 Горан Мазнов 22 апреля 1981 (28 лет)